Rispetto alle versioni normali, la Fabia Motorsport Edition si distingue per i paraurti sportivi e per i tanti dettagli in color nero lucido, dal labbro del paraurti anteriore alle calotte degli specchietti, per la griglia d'aria con motivo a nido d'ape e per le minigonne laterali in color carrozzeria. Numerosi i rimandi al mondo delle corse, dalla fascia nera che collega i gruppi ottici posteriori ai tanti adesivi su portiere, cofano, lunotto e montante posteriore, con la grande scritta "125". Di serie le ruote con cerchi da 18" e pinze dei freni rosse. All'interno, oltre alla targhetta identificativa, le differenze con la 130 si limitano al logo Skoda 125 sul volante e ai tappetini esclusivi per questo modello.
Il "cuore" della Fabia Motorsport Edition è la versione 130, con il 1.5 TSI evo2 da 130 kW (177 CV) e 250 Nm di coppia, abbinato al cambio DSG a doppia frizione a sette rapporti con taratura specifica (e “doppietta” in scalata nella modalità Sport). Assetto ribassato di 15 mm, cerchi da 18", tarature specifiche per sterzo e sospensioni: la Fabia più sportiva scatta da ferma a 100 km/h in 7,4 secondi e arriva a toccare i 228 km/h di velocità di punta.
